I moderni bourbon vengono filtrati per rimuovere oli vegetali indesiderati e altre particelle che possono causare un "effetto neve" quando fa freddo o quando il bourbon viene versato sul ghiaccio. Queste particelle non sono altro che la semplice condensazione di questi oli che daranno quindi al whisky un aspetto torbido. Queste particelle non sono nocive alla salute, anzi contengono aromi che si perdono nel processo di filtrazione. Non per forza la presenza di queste particelle deve essere considerata una cosa negativa poiché nella maggior parte dei casi gli olii aggiungono un sapore più profondo e una migliore sensazione in bocca al whisky. Anche i cosiddetti bourbon non filtrati hanno una certa filtrazione per rimuovere le particelle più grandi provenienti dalla carbonizzazione della botte, ma questa è una filtrazione minimamente invasiva e nel complesso un buon compromesso.
Per gran parte del XIX secolo il bourbon veniva venduto direttamente dalla botte. Il cliente si recava dal rivenditore di liquori con una bottiglia o brocca e se la faceva riempire pagando al rivenditore la quantità necessaria per riempire il contenitore. L'unica filtrazione del liquido era il passaggio attraverso il rubinetto del barilotto che tratteneva i pezzi più grandi di carbone che potevano staccarsi dall'interno della botte. Se anche il cliente non avesse avuto un suo contenitore il commerciante gli avrebbe fornito una bottiglia piena ma molto probabilmente sarebbero stata riempita allo stesso modo, senza filtrazione. Anche nei saloon il barista riempiva la sua bottiglia da usare per versare il whisky ai suoi clienti prelevando il suo distillato direttamente dalla botte.
Nell'ultimo decennio del 19 ° secolo il whisky in bottiglia ha iniziato a diventare più comune poiché il vetro soffiato a macchina ha reso economica l'acquisto di whisky in bottiglia presso la distilleria. Con il whisky in bottiglia arrivava l'etichetta del whisky e sull'etichetta c'era di solito la gradazione del whisky. Il whisky sarebbe stato sversato dalle botti in una vasca e la gradazione veniva successivamente regolata, specialmente dopo il Bottled-in-Bond Act del 1897. Con questo processo era importante rendere il whisky il più puro possibile per il consumatore, quindi la filtrazione è diventato un ulteriore passo verso la vendita di whisky. Questa filtrazione era un semplice sistema che faceva passare il whisky attraverso filtri in tessuto per catturare le particelle di carbone. I distillatori notarono che quando si imbottigliava nella stagione invernale il whisky diventava meno “nuvoloso” nella bottiglia.
Dopo il proibizionismo con dimensioni standard delle bottiglie e la necessita' di un'etichettatura si giunse ad un whisky di gradazione inferiore fino a raggiungere gli 80 proof. La tecnologia era migliorata e i sistemi di filtrazione divennero più sofisticati con i filtri di carta.I distillatori utilizzano anche del carbone attivo per la filtrazione del whisky. Il contenuto delle botti viene versato in una cisterna a cui poi si aggiunge il carbone attivo e successivamente il liquido viene agitato. Gli oli vegetali si accumulano così sul carbone prima che il whisky venga fatto passare attraverso il sistema di filtraggio della carta. Questo è il processo che molti marchi chiamano "Charcoal Filtered". Man mano che la tecnologia della refrigerazione migliorava i distillatori decisero che il raffreddamento del whisky nella cisterna sarebbe stato aggiunto al processo per imitare la nitidezza del whisky imbottigliato nei mesi invernali. La tecnologia ha continuato a migliorare nei moderni sistemi di filtrazione a freddo.
Non tutta la filtrazione è da considerare negativamente. Se fatta bene il whisky raggiunge aspetto più chiaro e può essere usato per rimuovere alcuni sapori sgradevoli e consentire ad altri sapori di brillare. Ciò è particolarmente vero nei whisky invecchiati più a lungo che possono essere dominati dal sapore dei tannini del legno. Una corretta filtrazione del whisky consente di ottenere sapori di caramello e vaniglia che sarebbero altrimenti nascosti dai tannini se non opportunamente filtrati. Nel complesso, più si filtra un whisky più sapore si rimuove. Più bassa è la gradazione della bottiglia più devi filtrare il whisky per evitare la presenza di particelle in sospensione.
Non tutte le distillerie trattano la filtrazione allo stesso modo. Alcuni hanno un procedimento di filtraggio unico per tutti i loro whiskey mentre alcune aziende come Michter hanno diversi sistemi di filtrazione che utilizzano in base al prodotto che stanno imbottigliando. La filtrazione deve essere vista semplicemente come un altro passo nella realizzazione del bourbon nella bottiglia che stai acquistando.